諸多的研究表明：胃腸道疾病患者多表現(xiàn)出不同程度的腸道微生物種類和豐度的變化。腸道微生物的失衡會使腸道的通透性增強，從而釋放細菌產物誘發(fā)炎癥的產生，引起宿主代謝紊亂，這一過程主要是由腸道微生物代謝物（如：膽汁酸（BA）、短鏈脂肪酸（SCFA）、氨基酸、脂肪酸等）所介導。

靶向代謝組學是按照代謝組學的原理和思路，只對有限的幾個或幾類與生物學事件相關的代謝物進行分析和研究的方法。通常在通過非靶向代謝組學發(fā)現(xiàn)差異代謝物之后，再利用靶向代謝組學進行進一步系統(tǒng)的確證。近年來新發(fā)展起來的糖組學、脂質組學等也屬于靶向代謝組學的范疇。與非靶向代謝組學相比，靶向代謝組學在分析上更具有針對性，與非靶向代謝組學優(yōu)勢互補，是代謝組學的重要組成部分。