背景^[1-7]

lncRNA芯片能夠快速高通量的獲得與特定生物學過程或者疾病相關的LncRNA的表達變化，從而為后續(xù)的LncRNA功能研究或生物標志物篩選提供極大的便利。鏈非編碼RNA(LncRNA)是一類長度超過200nt的RNA，它們本身并不編碼蛋白，而是以RNA的形式在多種層面上（表觀遺傳調(diào)控、轉(zhuǎn)錄調(diào)控以及轉(zhuǎn)錄后調(diào)控等）調(diào)控基因的表達水平。

近年來的研究表明：LncRNA廣泛參與各種生物學過程，LncRNA的異常表達與包括癌癥在內(nèi)的多種疾病密切相關。RNA不僅僅只承擔遺傳信息中間載體的輔助性角色，而是更多地承擔了各種調(diào)控功能。lncRNA在發(fā)育和基因表達中發(fā)揮的復雜精確的調(diào)控功能極大地解釋了基因組復雜性之難題，同時也為人們從基因表達調(diào)控網(wǎng)絡的維度來認識生命體的復雜性開啟新的天地．研究者大部分研究集中于短RNA如microRNA，piRNA等一些ncRNA生物生成機制和調(diào)控通路，甚至在一些人類復雜疾病中的功能，但是這都只是冰山一角。

人們對lncRNA(Long noncoding RNAs,LncRNAs)的認識還處在初級階段，lncRNA起初被認為是基因組轉(zhuǎn)錄的“噪音”，是RNA聚合酶II轉(zhuǎn)錄的副產(chǎn)物，不具有生物學功能。然而，有文獻研究表明，lncRNA參與了X染色體沉默，基因組印記以及染色質(zhì)修飾，轉(zhuǎn)錄激活，轉(zhuǎn)錄干擾，核內(nèi)運輸?shù)榷喾N重要的調(diào)控過程，lncRNA的這些調(diào)控作用也開始引起人們廣泛的關注。

哺乳動物基因組序列中4%~9%的序列產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄本是lncRNA（相應的蛋白編碼RNA的比例是1%），雖然關于lncRNA的研究進展迅猛，但是絕大部分的lncRNA的功能仍然是不清楚的，隨著研究的推進，各類lncRNA的大量發(fā)現(xiàn)，lncRNA的研究將是RNA基因組研究非常吸引人的一個方向，使人們逐漸認識到基因組存在人類知之甚少的“暗物質(zhì)”。

長鏈非編碼RNA的表達不僅具有細胞型和組織特異性,一些長鏈非編碼RNA還僅在真核生物發(fā)育過程的特定階段表達。對線蟲和果蠅發(fā)育過程中長鏈非編碼RNA的表達研究發(fā)現(xiàn),這類RNA分子呈現(xiàn)出動態(tài)的表達變化,多數(shù)長鏈非編碼RNA具有精確的時間和空間表達模式,有的表達模式還保守地存在不同種的果蠅中。

原位雜交分析中發(fā)現(xiàn),在黑腹果蠅的胚胎發(fā)育過程中高表達的33個mRNA-like長鏈非編碼RNA,有16個僅在中樞或者外周神經(jīng)系統(tǒng)中得到表達。研究發(fā)現(xiàn),長鏈非編碼RNA的表達或功能異常與人類疾病的發(fā)生密切相關,其中就包括癌癥、退行性神經(jīng)疾病在內(nèi)的多種嚴重危害人類健康的重大疾病,具體表現(xiàn)為長鏈非編碼RNA在序列和空間結(jié)構上的異常、表達水平的異常、與結(jié)合蛋白相互作用的異常等。

應用^[8][9]

lncRNA芯片可用于致病基因表達的分子機制研究：

miR-1182、miR-1266、miR-1207-5p可以從轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控胃癌細胞hTERT的表達，從而抑制胃癌細胞增殖遷移。而占全部ncRNA轉(zhuǎn)錄大部分的長鏈非編碼RNA（long non-ccoding RNA，lncRNA）因其豐富的調(diào)控手段在基因轉(zhuǎn)錄后的調(diào)節(jié)中日益受到重視，近來提出了一種全新基因表達調(diào)控模式，即競爭性內(nèi)源性RNA模式（competing endogenous RNAs,ceRNA），也就是說lncRNA、假基因轉(zhuǎn)錄物以及mRNA轉(zhuǎn)錄物可以競爭性地結(jié)合miRNA應答元件(miRNA response element，MRE)來影響基因的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控。

本研究的目的在于探索是否存在調(diào)控胃癌hTERT的lncRNA，以及它的作用機制。胃癌的發(fā)生是由不同時期，不同癌基因的激活和/或抑癌基因的失活導致的分子疾病，作用機制可能涉及到不同染色體上多個基因的變化，其中端粒酶的活化在胃癌的發(fā)生發(fā)展中就具有重要的作用，端粒酶在85%以上的癌組織中表達，而正常的體細胞中不表達或者低表達。人端粒酶逆轉(zhuǎn)錄酶(human telomerase reverse transcriptase,hTERT)作為端粒酶的限速亞單位直接決定端粒酶的活性。因此，hTERT的活化導致的端粒酶激活是腫瘤發(fā)生發(fā)展的重要環(huán)節(jié)。

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