背景^[1-6]

一步法磁珠ChIP試劑盒是包含溶液和試劑一套完整實驗組件，基于磁珠方法來成功執(zhí)行染色質(zhì)免疫沉淀，選擇性富集含有特異DNA序列的染色質(zhì)片斷，用于研究細胞內(nèi)DNA和蛋白質(zhì)的相互作用。這個試劑盒能與EpiSonic Multi-Functional Bioprocessor 1000聯(lián)用，或者作為一個單獨的試劑盒使用。一步法磁珠ChIP試劑盒包含成功執(zhí)行染色質(zhì)免疫沉淀所有必須試劑，能直接從哺乳動物細胞或者組織中提取染色質(zhì)。這個試劑盒包含陽性對照抗體(RNA polymerase II)，陰性對照抗體無免疫性的IgG和GAPDH引物能用于展示試劑盒試劑和操作的功效。

在大多數(shù)哺乳動物細胞發(fā)育過程中，RNA聚合酶II能富集于GAPDH基因啟動子上，啟動下游轉錄。染色質(zhì)只能被RNA聚合酶II沉淀，不能被無免疫性的IgG所沉淀，然后清洗，釋放，洗提DNA。洗提后的DNA能用于多種下游分析.基因表達的控制從根本上來說是蛋白-DNA的相互作用。這些相互作用可通過生化分析輕松地弄清，如凝膠阻滯分析。

但如果研究人員想知道基因組DNA的特定部分是否參與，通常會選擇染色質(zhì)免疫沉淀技術（ChIP）。ChIP是在全基因組范圍內(nèi)識別DNA與蛋白質(zhì)相互作用的標準方法，最初用于組蛋白修飾研究，后來也用于轉錄因子。整個實驗涉及到一系列蛋白質(zhì)組學和分子生物學的方法，包括交聯(lián)、細胞裂解、核酸剪切、基于抗體的免疫沉淀、DNA樣品的純化以及qPCR等分析。

一步法磁珠ChIP試劑盒特點：

1.快捷方便的ChIP方法，整個試驗流程（從完整染色體到即用型DNA）不超過70分鐘，在染色質(zhì)剪切和免疫沉淀（"One-Step ChIP"）同時處理過程中，手工操作不超過15分鐘；

2.96微孔板形式讓實驗更靈活：適用于手工操作單個實驗或者高通量分析；

3.高富集率，陽性對照與陰性對照富集比>200，實驗僅需極低細胞數(shù)目（每次ChiP實驗最低僅需要5000個細胞）；

4.高重復性，預優(yōu)化ChIP反應條件，聯(lián)用EpiSonic 1000，在密閉系統(tǒng)里數(shù)字化聲控反應處理能保證試驗流程的一致性；5、寬范圍兼容下游分析，例如：ChIP-PCR，ChIP-on-chip，and ChIP-seq.

一步法磁珠ChIP試劑盒實驗步驟：

（1）甲醛交聯(lián)整個細胞系（組織），即將目標蛋白與染色質(zhì)連結起來；

（2）分離基因組DNA，并用超聲波將其打斷成一定長度的小片段；

（3）添加與目標蛋白質(zhì)特異的抗體，該抗體與目標蛋白形成免疫沉淀免疫結合復合體；

（4）去交聯(lián)，純化DNA即得到染色質(zhì)免疫沉淀的DNA樣本，準備測序；

（5）將準備好的樣本進行深度測序。

生物信息分析流程：

（1）將測序得到的短序列片段匹配到參考基因組序列上。

（2）有一部分短序列不能匹配到參考基因組上，有可能是未知的基因組序列；另一部分是能夠匹配到基因組上的短序列，通常要對這些短序列進行覆蓋度計算。

（3）從匹配到基因組上的短序列中進行富集區(qū)域的掃描。通常掃描到的富集區(qū)即被認為是蛋白質(zhì)與DNA相互結合的區(qū)域（也有假陽性位點等的影響）。

（4）對掃描到的富集區(qū)做深度分析，包括基因，GO注釋，利用基因瀏覽器進行可視化瀏覽，研究與基因結構的關系等。

應用^[7][8]

由于ChIP-Seq的數(shù)據(jù)是DNA測序的結果，為研究者提供了進一步深度挖掘生物信息的資源，研究者可以在以下幾方面展開研究：

（1）判斷DNA鏈的某一特定位置會出現(xiàn)何種組蛋白修飾；

（2）檢測RNA polymerase II及其它反式因子在基因組上結合位點的精確定位；

（3）研究組蛋白共價修飾與基因表達的關系；

（4）CTCF轉錄因子研究。

參考文獻

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