PD98059 要么抑制本底的MEK1，要么抑制一種被部分激活的MEK突變體，該突變體是 218 和 222號位上絲氨酸突變?yōu)楣劝彼岷笮纬傻?MEK-2E)， IC50 為2 μM. PD98059 不會抑制JNK和P38這兩個 MAPK 的同系物. PD98059會高度選擇性的抑制MEK, 因為對其它包括Raf 激酶, cAMP-依賴性激酶, 蛋白激酶C, v-Src, 表皮生長因子 (EGF) 受體激酶, 胰島素受體激酶, PDGF 受體激酶, 和磷脂酰肌醇(-3)激酶等在內(nèi)的一系列激酶都沒有抑制性。 PD98059 會抑制經(jīng)過PDGF刺激而活化的MAPK 和胸苷 進入 3T3 細胞， IC50分別為 ~10 μM 和 ~7 μM 。PD98059可以有效地阻止 MEK1 被Raf 或者MEK 激酶活化， IC50為4 μM, 可以微弱地 抑制MEK2被 Raf 活化， IC50 為50 μM。 在KB 和 PC12 細胞中, PD98059 不會抑制MKK4 和RK激酶這兩個參與壓力和白細胞介素-1介導的激酶級聯(lián)反應的MEK的同系物的活化，在Swiss 3T3 細胞中也不會通過胰島素或者表皮生長因子抑制p70 S6 激酶的活化。PD98059會在不改變細胞生存能力的情況下完全阻斷 神經(jīng)生長因子(NGF)誘導的 PC12 細胞的分化 。PD98059會以劑量依賴性的方式抑制培養(yǎng)在含有破骨細胞分化因子培養(yǎng)基中的 RAW264.7細胞的增值，進而導致TRAP陽性細胞數(shù)量明顯下降。

在大腦缺血前30分鐘用PD98059處理小鼠可以明顯減輕傷害, 使腦梗塞的體積減小。基于胰腺的濕重和組織學研究發(fā)現(xiàn)，提前30分鐘用PD98059預處理 (10 mg/kg 靜脈注射) 然后每小時注射一次蛙皮素連續(xù)三次的小鼠可以明顯改善蛙皮素誘導的急性胰腺炎?？ɡz損傷一小時后用PD98059 (10 mg/kg) 對小鼠進行治療可以發(fā)現(xiàn)與炎癥相關的所有指標均有所下降。