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普健生物(武漢)科技有限公司

主營產(chǎn)品:高活性重組蛋白,功能性抗體試劑,試劑盒,技術服務,項目定制

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AI和人類之間的PK之——實驗方案設計
發(fā)布日期:2025/2/25 9:31:47發(fā)布人:普健生物(武漢)科技有限公司

生物人看這里!別再卷AI焦慮了??!

刷到滿屏AI攻略真的會謝!

“小白用Deepseek預測蛋白結構?”

“半小時跑完一周的數(shù)據(jù)?”

手殘黨試了三天——報錯代碼比論文還厚!

其實早就該告訴你——【普健生物技術服務】比野生AI香10086倍?。?/p>

 

不用學代碼和喂數(shù)據(jù)!只需要放心交給我們!五大蛋白表達系統(tǒng),單抗,多抗,納米抗體定制,多肽合成等等,連導師都夸的實驗結果圖,那些讓AI翻車的復雜樣本和設計,普健生物憑借積累多年的經(jīng)驗和成熟的體系直接交付,與其陪跑AI內(nèi)卷賽道,不如用成熟工具彎道超車。

當然AI的出現(xiàn)就是為了給我們帶來便捷,在實驗設計步驟還是可以進行參考的,畢竟是強大的信息整合怪,那些平時先入為主的慣性思維,以及實驗中可能會經(jīng)常遺忘的點,AI都會全面的整理出來,可以把它作為一個輔助生產(chǎn)的好幫手而不是主力軍。

 

那么今天就用最近爆火的Deepseek來測試一下我們客戶的一個實際案例,要求進行實驗設計:

首先看下客戶的需求:客戶通過Co-IP實驗證實A、B兩個蛋白有相互作用,想進一步通過體外實驗驗證,其中A蛋白大小為45kDa,親水性較好,但是B蛋白疏水性很強,且非常大(275kDa),需要設計一個實驗方案出來,得到A、B蛋白,并體外驗證兩者是否互作。

 

我們先來看看Deepseek是怎么回答的:

Deepseek首先進行了深度思考,這里的灰色部分就像是AI的內(nèi)心戲,可以看出每個實驗步驟和假設以及相關的細節(jié)都考慮進去了,但是在B蛋白的方案中,有一點出現(xiàn)錯誤:哺乳動物系統(tǒng)的周期實際是比昆蟲的要短,且以現(xiàn)在成熟的技術來講,可以保持差不多的成本。

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接下來,列出了實際的操作方案,首先是A蛋白的表達和純化,Deepseek在設計表達A蛋白的方案中,誘導溫度和誘導時間卻沒有考慮全面,常規(guī)操作中,溫度16℃,誘導16-20h也是一個不錯的選擇。

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接下來,Deepseek對于B蛋白提出了兩種表達解決方式,哺乳動物或昆蟲系統(tǒng),這里選擇昆蟲系統(tǒng)是非常明智的,說明考慮到了大蛋白表達的局限性,昆蟲-桿狀病毒系統(tǒng)的主要優(yōu)點包括:

1,高效表達外源基因,強啟動子驅動,適合表達大基因和多基因

2,蛋白質翻譯后修飾完善,接近哺乳動物的修飾機制,如蛋白的正確折善、二硫鍵的搭配

3,培養(yǎng)體系易于放大,高密度無血清懸浮培養(yǎng),表達水平可達總蛋白量的50%

4,操作簡便,桿狀病毒基因組易于重組操作,無需多輪空斑純化

 

由于蛋白疏水性比較高(如GPCRs、離子通道),實際操作中,哺乳動物細胞并不是一個最佳的選擇,蛋白的表達量也很難達到所需產(chǎn)量。

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接著就是蛋白A和蛋白B之間的互作檢測,按照常規(guī)操作GST Pull-down實驗??紤]到B蛋白的特殊性,還預備了兩個備選替代方案,將A和B共轉染至HEK293細胞中,用細胞裂解液直接進行Pull-down,不得不說,這個思路是非常全面的。

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綜合來說,Deepseek的回答不僅分析了所有的實驗步驟和細節(jié),還提出了預期結果和可能失敗的情況。

然后我們來看下普健生物的解決方法:首先分析B蛋白的信號肽、疏水性和跨膜區(qū)分析

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實打實的拿到實驗結果后選擇昆蟲桿狀病毒表達系統(tǒng)進行B蛋白的生產(chǎn):

1,基因優(yōu)化合成B蛋白,構建pFast-bac1-B表達質粒;

2,藍白斑篩選方法獲得重組的Bacmid,經(jīng)PCR鑒定陽性后,轉染sf9細胞,獲得P1代病毒粒子,通過P1代表達測試,鑒定是否有目的蛋白表達

3,生產(chǎn)P2代病毒粒子,進行MOI測試,選最優(yōu)條件進行200ml放大及純化,獲得目的蛋白

 

然后進行SDS-PAGE進行考馬斯亮藍染色,成功表達B蛋白,蛋白純度90%

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最后進行體外互作實驗驗證結論:GST-A蛋白與His-B蛋白是有相互作用的。直接拿到可以用的實驗結果圖。

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通過這個案例的對比,我們可以看到AI在實驗設計中能夠提供較為全面的思路和考慮,但普健專業(yè)的生物技術服務則憑借豐富的經(jīng)驗和成熟的體系,能夠將這些設計轉化為實際可行的實驗操作,并最終得到可靠的實驗結果。在生物科研的道路上,AI 和人類的定制服務各有優(yōu)勢,相互補充,都能為科研人員提供更加強大的支持和保障。

 

關于我們

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普健生物作為ProteoGenix在中國的研發(fā)生產(chǎn)基地,總面積4700平方米,其中GMP級別細胞房800平方米,配置一個100平方米的無菌、無內(nèi)毒素純化實驗室,儀器設備投入逾2000萬。作為武漢國家生物產(chǎn)業(yè)基地指定的光谷抗體發(fā)現(xiàn)與篩選公共服務平臺,普健生物專注于重組蛋白、抗體、診斷原料、抗體藥物發(fā)現(xiàn)等自主技術平臺的建設和下游生物醫(yī)藥產(chǎn)品的戰(zhàn)略合作。

目前已擁有的自主技術包括:哺乳動物細胞高密度表達系統(tǒng)、MHC多肽復合物表達技術、多聚體定向表達技術、雜交瘤鼠單抗制備技術、single B細胞抗體發(fā)現(xiàn)技術、生產(chǎn)型穩(wěn)定細胞株構建、噬菌體文庫的構建以及淘選、抗體工程化(抗體人源化、親和力成熟、雙特異性抗體制備技術)等等。截止目前已成功交付數(shù)萬例與重組蛋白、抗體相關的技術委托研發(fā)。

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普健生物依托自主研發(fā)的高通量活性蛋白表達系統(tǒng),單B細胞抗體發(fā)現(xiàn)技術平臺,噬菌體展示抗體庫技術和雜交瘤抗體開發(fā)平臺,抗體表達、抗體人源化和穩(wěn)定細胞株構建平臺,與各研究機構展開技術服務項目合作,助力IVD檢測、疫苗生產(chǎn)、重組抗體開發(fā)。

普健生物一站式抗體發(fā)現(xiàn)平臺,專注于活性蛋白,功能性抗體開發(fā)。

 

武漢國家生物產(chǎn)業(yè)基地—光谷抗體發(fā)現(xiàn)與篩選公共服務平臺

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♥ 因為專業(yè) 所以信賴 ♥


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