菌種是指食用菌、工業(yè)菌、農(nóng)用菌菌絲體及其生長基質(zhì)組成的繁殖材料。菌種是從事微生物學及生命科學研究的基本材料，在醫(yī)學領(lǐng)域中，診斷制品的制備，菌苗的生產(chǎn)、微生物致病性研究，藥物的抑菌試驗及藥品微生物檢驗等都有一套完整的菌種菌種分為母種（一級種）、原種（二級種）和栽培種（三級種）三級。